
据人民日报客户端4月29日消息,颜宁近期接受《人民日报》记者专访,聚焦其团队在糖质生物学领域的最新突破。
颜宁近照。图源:深圳医学科学院
报道提到,深圳医学科学院/深圳湾实验室/清华大学颜宁团队与合作者利用“酷寻”(CryoSeek)策略,逐步揭开了糖质这一“生命暗物质”的神秘面纱。
特别是,在《科学》杂志发表的最新成果中,颜宁团队获得了最高分辨率达到0.18纳米的天然糖质复合物超高分辨率三维结构,实现了在原子分辨率的“可视化”研究,打开了糖质生物学研究的“天眼”。
冷冻电镜分析揭示金藻管状微绒毛表面存在的大量复杂糖质及其近原子分辨率三维结构。图源:深圳医学科学院
在采访中,颜宁指出,糖质虽与核酸、蛋白质、脂质并列为生命四大基本生物大分子,却长期研究滞后,“根本原因之一是糖质研究中存在一个巨大的瓶颈——科学家看不清它的内部结构。”
颜宁解释说,“在生命科学领域,结构决定功能。这里的‘结构’,既包括长宽高外形这些几何形式,也包括所用的材料等物理化学性质。就像家里面,不同的结构、材料决定了这个地方是厨房、那个地方是卫生间一样,生物大分子的结构不同,所具有的功能和作用也各不相同。”
“因为一直缺乏好的研究系统,所以过去即便用最强大的冷冻电子显微镜也很难‘看清’复杂糖质的内部构造。”颜宁说。
为此,颜宁团队另辟蹊径,创造性地提出酷寻(CryoSeek)研究策略——“结构先行”的生物发现新范式。“核心是把冷冻电镜这一传统的结构解析工具变为发现未知生物大分子的‘放大镜’”。
CryoSeek数据平台首页。图源:深圳医学科学院
今年4月24日,发表在《科学》上的最新研究进展中,颜宁团队以年轻的博士生黄隽豪为主力、与清华大学闫创业团队合作,获得了整体糖质分辨率约0.2纳米(一根头发丝的40万分之一)、核心局部最高达0.18纳米的超高分辨率三维电镜密度图。
颜宁告诉记者:“在这项研究中,我们系统揭示了糖质在生物大分子高级组装中的结构性作用,为复杂糖质及其高级结构的发现、鉴定、计算化学、工程化利用提供了新的方法学框架,标志着糖质结构生物学正进入原子分辨率解析的新阶段。”
在《科学》发表的论文截图。图源:深圳医学科学院
与此同时,由颜宁实验室博士后陈晟开发的AI自动建模工具EModelG,把糖质结构建模的效率从传统手动建模的几星期提升到自动建模的半小时,为天然糖质的大规模结构研究提供了方法学支撑,并降低了复杂的专业门槛,可以令不同学术背景的更多研究者有效参与进来。
值得一提的是,在该论文于国际期刊正式发表之前,颜宁团队提前几个月将成果公开发布在由深圳医学科学院联合深圳湾实验室、清华大学、西湖大学建设的 “浪淘沙”预印本平台(Langtaosha.org.cn),第一时间与国内外同行分享研究的核心发现、技术方法与原始数据,以加快推进相关研究。
“浪淘沙”预印本平台网页。图源:深圳医学科学院
一花独放不是春,百花齐放春满园。颜宁表示,与核酸、蛋白质相比,糖质生物学的研究还是“万里长征第一步”,前面是更为广阔的星辰大海,需要国内外同行携手努力。
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